通算対戦成績は森内41勝、羽生50勝(4月6日時点)。初のタイトル戦は96年の第54期名人戦で、七冠王の羽生が4―1で防衛した。00年の第25期棋王戦は羽生が3―1で防衛、03年春の第61期名人戦では羽生が4―0で名人位を奪取し、タイトル戦で3連勝した。
ところが03年後半から森内の反撃が始まる。第16期竜王戦は4―0、04年の第53期王将戦は4―2、第62期名人戦は4―2と、森内が羽生から3タイトルを続けて奪い、王座のみの一冠に追い込んだ。羽生は名人戦で勝っていれば名人通算5期獲得で永世名人の資格が得られたが、目前で阻まれた。
その後は羽生が巻き返し、04年の第52期王座戦は3―1(防衛)、05年の第54期王将戦も4―0(奪取)と連勝。しかし、再び永世名人の資格をかけた第63期名人戦では3―4で挑戦に失敗。06年の第31期棋王戦では1―3でタイトルを奪われた。
タイトル戦の成績は森内5勝、羽生5勝。うち名人戦は2勝2敗の五分となっている。