新千歳空港の６日の発着便は、国内線、国際線とも全便欠航となった。旅客ターミナルビル内で壁の損壊や水漏れが複数確認されたため。国土交通省新千歳空港事務所によると、滑走路や管制塔の設備に異常は確認されていない。地震発生後、同ビル内のホテルなどの利用客は従業員や警備員の誘導で１階に避難した。

　国土交通省によると、新千歳空港を除く道内の空港は使える状態で、全日空は函館や稚内を発着する便を通常通り運航する予定という。