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 菅義偉首相が就任して初の国会で、28日午後、衆院代表質問の論戦が始まった。トップバッター、立憲民主党の枝野幸男代表は首相に対し、日本学術会議の会員候補6人が任命除外された問題について「総理自身の判断ではないのか。誰がどんな資料や基準をもとに判断したのか。任命しなかった理由は何なのか」とただした。その上で「一刻も早く6名を任命して、違法状態を解消する以外、この問題の解決はあり得ません。」と訴えた。

 首相は「憲法第15条第1項は公務員の選定は国民固有の権利と規定している」とし、必ず推薦通りに任命しなければならないわけではないと説明。この考え方について、「内閣法制局の了解を得た政府としての一貫した考え」と答弁した。その上で「個々人の任命の理由については人事に関することで答えを差し控える」と改めて説明を拒否した。

 さらに、任命にあたり「総合的・俯瞰(ふかん)的な活動、すなわち、専門分野にとらわれない広い視野にたってバランスのとれた活動を行い、国の予算を投じる機関として国民に理解される存在であるべきということ、さらにいえば、たとえば若手が少なく、出身や大学にも偏らないことも踏まえて多様性を念頭に、私が任命権者として判断を行ったものだ」とした。