信仰の自由は憲法で認められているが、政府の管理下に置かれることが前提。官製団体としてプロテスタント系の「基督教三自愛国運動委員会」、カトリック系の「天主教愛国会」などが存在する。中国社会科学院の２０１０年の報告によると、プロテスタントは約２３００万人、カトリックは約６００万人。共産党や政府ではなくあくまでローマ法王や教義に従おうとする非公認組織の「地下教会」「家庭教会」の信者は統計に含まれていない。非公認も合わせると、共産党員の８８７５万人（１５年末現在）を上回るとの指摘もある。

文化庁のまとめでは、キリスト教系の教会は２００７年時点で全国に７１１４、近畿に１２２６ある。日本キリスト教連合会によると、教派はプロテスタント系（約６割）とカトリック系（約４割）に大別され、プロテスタント系の信者は国内に約６０万人いるという。

長崎市発行の「市制百年長崎年表」によると、浦上とキリスト教とのかかわりは１５８４年にさかのぼる。領主の有馬晴信が、宿敵の竜造寺隆信を破ったことをデウス（天主）に感謝するため、浦上村をイエズス会に寄進した。キリスト教が禁じられた江戸時代にも、ひそかに信仰を続けた。開国後の１８６５年、完成したばかりの大浦天主堂でプチジャン神父に名乗り出て、潜伏していた浦上の信徒の存在が明らかになった。