予防接種が原因で死亡したり、重い障害が残ったりしたとして、福岡、鹿児島両県の８家族１９人が７９年に提訴（８２年、追加提訴で９家族２２人に）。８９年４月、一審・福岡地裁は国の過失を認めたが、国は控訴。９３年８月、２家族については国が約６８４０万円を払うことなどを条件に和解が成立。残り７家族について福岡高裁は同月、国側の過失を認め、総額３億３３００万円の支払いを国に命じる判決を言い渡した。国が上告を断念し、この判決が確定した。

感染すると手足にまひがでるため、市区町村が生後３カ月〜７歳半の子を対象に、ほぼ全額を負担して予防接種を実施する。８月末まで使われた生ワクチンは、ウイルスの病原性（毒性）を弱めてつくるため、１００万人に約１．４人の割合で接種後にまひが出ていた。９月に導入された不活化ワクチンは、病原性をなくしてつくるため、まひの心配がない。１１月には、不活化ワクチンと３種混合ワクチン（ジフテリア、百日ぜき、破傷風）を合わせた４種混合の接種が始まり、将来的には４種混合が主流になるとみられる。

美濃市の１０歳の男児が１０月、日本脳炎の予防接種直後に意識不明となり、死亡した。厚生労働省は事故後、７月にも１０歳未満の子どもが予防接種後に急性脳症で死亡していたことを明らかにした。だが、厚労省の専門家委員会は１２月１３日、これら２件について「ワクチンとの明確な因果関係は認められず、ただちに予防接種を中止する必要はない」と結論づけた。日本脳炎は蚊を介して感染し、発症すると２０〜４０％の人が死に至るとされる。国内の患者数は１９９２年以降、年間１０人以下。