１９８９年、現在の国立感染症研究所の建設工事中、地下約２メートルから頭蓋骨（ずがいこつ）や大腿骨（だいたいこつ）など大量の人骨が掘り出された。新宿区が専門家に鑑定を依頼した結果、「日本人とは異質とみられる骨」「ドリル、のこぎりによる加工の跡」があることがわかった。厚労省は軍医学校関係者ら３６８人に聞き取り調査やアンケートを実施。２００１年、人骨は軍医学校にあった標本や医学教育用に集められた死体の一部との見解を示し、明治期以降に戦場から集められた戦死者が含まれていた可能性があるとした。調査に対して、「七三一部隊から送られてきたもの」との回答も一部あったが、「七三一部隊との関連は明らかにできなかった」と結論づけた。

「呉海軍病院史」などによると、海軍の医務、衛生関係士官の教育は海軍軍医学校、下士官兵の教育は各海軍病院練習部があたった。だが、戦争拡大で要員採用が増えると教育施設が不足したため、４４年７月に海軍軍医学校戸塚分校を開校。４５年４月、賀茂海軍病院練習部が独立して賀茂海軍衛生学校となり、歯科、薬剤科士官、予備役軍医官らの教育も実施。４５年１０月閉校。賀茂海軍病院は戦後、厚生省に移管され、現在は賀茂精神医療センターになっている。