６４年１０月の東海道新幹線の開業にあわせて、当時世界最速の時速２１０キロでデビュー。８６年までに３２１６両が製造され、８７年の国鉄民営化後はＪＲ東海が１３４６両、ＪＲ西が７２２両を所有。老朽化などで、まず９９年に東海道区間（東京—新大阪）での運行を休止。現在は、６両３編成が山陽区間（新大阪—博多）で「こだま」として平日１日１０本走る。引退後はすべて廃車となる。

宮崎県の延岡駅を始発に１９３５年に開業し、７２年に高千穂駅まで延伸した。国鉄民営化後の８９年、県や沿線自治体が出資する第三セクターが営業を引き継いだ。２００５年の台風被害で鉄橋が二つ流されるなどして全線が運休。住民らが運転再開を求めたが、０８年１２月に全線廃線が確定した。

６月に改正ＪＲ会社法が成立し、来秋の東証１部上場を目指している。鉄道・運輸機構が持つ株式はすべて売却される。一方、かつての国鉄民営化で国から渡された経営安定基金（３８７７億円）は返還しないことが決まり、税優遇の継続も固まった。足もとの決算では売上高や純利益は過去最高だが、駅ビルやマンションで稼ぐ構造で、鉄道事業は赤字が続く。