法人事業税は企業が都道府県に納める税で、企業の所得や規模に応じて課税される。地方税法により、県の判断で超過課税を１・２倍までかけられる。導入しているのは大阪や愛知、静岡県を含む８都府県。１０月以降の事業年度からは、都市と地方の税収格差の是正策として、法人事業税の約半分が「地方法人特別税」に変わって国に入り、税収の少ない地方に手厚く再分配される。

地方税法に基づく国の固定資産評価基準では、１９７３年度以降、駅構内や線路、高架下などの固定資産税・都市計画税は、全面積のうち運送目的の用地が８割以上を占める場合は沿線路線価の３分の１に抑えてきた（８割未満は沿線並みに課税）。帯状に細長いなど利用価値が低く、転売が容易ではないのが理由だった。新基準では面積の割合に関係なく、運送目的の用地は沿線の３分の１に、それ以外は沿線並みに強化された。運送目的の用地が８割未満のＪＲ京都駅などは、新基準では一部が３分の１となったため、逆に課税額が減少した。

住民税など地方税法で定められた税目以外に、地方自治体が独自に条例をつくって課す税。産廃税や別荘税などが知られるが、核燃料税や使用済み核燃料税といった原子力関係が金額で全体の７割を占める。設置には総務相の同意が必要だが、不同意はこれまで１件のみ。原子力関係の税では電力会社側の意見を聴く仕組みがあるが、地方財政審議会では「電気料金を負担する住民の意見を聴取する機会も必要だ」とする指摘が出ている。