日米安保条約で国内での訓練を認められ、在日米軍の日本での権限を定めた日米地位協定に基づき、基地間や基地と民間空港の間を移動できる。協定に伴う特例法で、「最低安全高度」など日本の航空法の一部の適用が除外され、全国で低空飛行訓練を実施。部品の落下や騒音が問題になっている。

６０年１月の日米安保条約改正時に、日本国内での核兵器貯蔵・配備は日米間の事前協議が必要としたが、秘密合意で核兵器を積んだ米艦船の寄港、航空機の領空の一時通過などの場合、事前協議は不要とした。００年に米政府の公文書で明るみに出た。日本政府は密約の存在を否定している。

６０年の日米安保条約改定時に、日本国内へ核兵器を持ち込む場合などには、日米間の事前の協議が必要と定められた。しかし、核兵器を積んだ米艦船や航空機の領空・領海の一時通過や寄港などの場合は事前協議は不要とする秘密合意があった。米側で見つかった当時の討議記録には、事前協議は「米軍機の日本飛来、米海軍艦艇の日本領海並びに港湾への進入に関する現行の手続きに影響を与えない」と記されている。７４年にラロック元海軍少将が米議会で「米艦は日本寄港の際、核武装を解かない」と証言。８１年にはライシャワー元駐日大使が「核兵器を積んだ艦船の寄港は、核持ち込みにはあたらない。日米間で、口頭了解がある」と発言した。今年になって村田良平元外務事務次官も密約の存在を証言したが、政府は一貫して否定し続けている。