横須賀市の雑居ビル入り口で０６年１月３日、パート社員の佐藤好重さん（当時５６）が激しい暴行を受けて殺害され、現金を奪われた。横須賀署は、米海軍横須賀基地に所属していた米国籍の元空母乗務員、ウィリアム・リース受刑者（２４）を強盗殺人容疑で逮捕。横浜地裁で無期懲役が言い渡され、刑が確定した。同年１０月、佐藤さんの遺族ら３人が、国とリース受刑者を相手取り、約２億円の損害賠償を求めて横浜地裁に提訴。公務時間外の兵士に対しても米軍は監督義務があるなどとして、日米地位協定の民事特別法に基づき国の賠償責任を主張している。

０８年２月１９日早朝、房総半島沖で、米・ハワイから横須賀基地に向かっていた「あたご」と清徳丸（勝浦市）が衝突。清徳丸は沈没し、吉清治夫さん（当時５８）と哲大（てつひろ）さん（同２３）父子が行方不明になった。同年５月に第３管区海上保安本部が２人の死亡を認定した。起訴されたのはあたごの元航海長・後瀉（うしろがた）桂太郎３佐（４０）と元水雷長・長岩友久３佐（３９）。艦長にかわって操船する「当直士官」で、後瀉３佐が長岩３佐に当直を引き継いだ直後に事故が起きた。

米海軍太平洋艦隊に属し、西太平洋とインド洋を担当する。拠点の横須賀基地（神奈川県）は米軍最大の海外軍港で、米空母を海外で唯一配備。第５空軍（司令部＝東京・横田）や第３海兵遠征軍（同＝沖縄）などとともに、在日米軍の主力を構成する。