被爆者援護法に基づき厚生労働相が認定する。認定には（１）原爆の放射線が原因で発病した（放射線起因性）（２）治療が必要な状態にある（要医療性）という２要件を満たす必要がある。従来は、爆心地からの距離を基に被爆者が浴びた放射線量を算出。年齢や性別などを考慮し、認定していたが、認定は増えず、「機械的な線引きで実態を反映していない」などの批判があった。０３年以降、全国で認定を求める集団訴訟が相次ぎ、基準が厳しすぎるとの司法判断も続いた。このため、０８年４月から新基準が導入された。新基準では、がん、白血病、心筋梗塞（こうそく）、副甲状腺機能高進症、白内障の５疾病について、ほぼ自動的に認める「積極認定」の対象とした。また、条件に合わない場合でも病歴や生活歴などを基に総合的に判断するとしたため、０８年度は前年の２３倍の約３千人が認定。今年６月、甲状腺機能低下症と慢性肝炎・肝硬変も追加された。

原爆の放射線の影響による健康被害を指す。国はがんや心筋梗塞（こうそく）、甲状腺機能低下症、白内障など七つの疾病にかかった場合、爆心地からの距離などの一定の条件を満たすと「積極的に認定」するとしており、認定されれば月約１４万円の医療特別手当が支給される。今年３月時点で被爆者健康手帳を持つ約１６万５千人のうち、８１６９人が認定されている。