１年間の収入、経費、各種控除をもとに所得と納める税金の額を確定し、申告する制度。１〜１２月分を翌年の２月中旬〜３月中旬に申告する。給与から源泉徴収されているサラリーマンのうち、年間の給与が２千万円を超えたり、給与以外に２０万円超の所得があったりした人も申告が必要。「ふるさと納税」による寄付金控除を受けたい場合も申告しなければならない。２０１３年分の確定申告者は約２１４３万４千人。

個人や企業が国に対して行う申請手続きには、税の申告や年金受給の申し込み、自動車の新車登録、船舶免許の更新など１万４３２７あるが、現在９２％にあたる１万３１２９手続きが、自宅や職場のパソコンからインターネット経由でも申請できる。役所へ書類をもらいに行ったり提出に出向いたりする手間が省ける。各官庁はそれらを６４のコンピューターシステムで管理している。税金の確定申告などが行える国税庁の「ｅ—Ｔａｘ」システムのように、電子申請すると税金を安くしたり、医療費控除の領収書提出を不要にしたりして、０８年度の所得税申告件数が前年度比７割増に伸びた例もある。

会社員と同じように、年間の給与収入が２千万円を超えたり、給与や退職金以外の原稿料や講演料などが２０万円を超えたりすると確定申告をしなければならない。一方、宗教法人の場合、お布施、さい銭、志納金、戒名料など宗教活動で得た収入は非課税となる。飲食店などを営むと課税されるが、経費を除いた所得のうち２割を事実上控除でき、残り８割にかかる法人税率も２２％と通常（３０％）より低い。