長崎市生まれ。原爆投下直前の１９４５年２月に諫早市に移り、５６年に諫早高校を卒業。京大文学部の受験に失敗し、東京で多くの職業に就いた。５７年から１年間、自衛隊に入隊した後、諫早に戻って家庭教師などをしながら文学を志した。「或（あ）る男の故郷」（６５年）で文学界新人賞佳作。芥川賞には４度ノミネートされ、「草のつるぎ」（７４年）で第７０回芥川賞を射止めた。代表作の「諫早菖蒲（しょうぶ）日記」は７６年に発表。心筋梗塞（こうそく）のため市内の自宅で死去した。

日本人にとってのキリスト教の意味を問い続けた芥川賞作家。５５年「白い人」で同賞受賞。代表作に日本人の罪の意識を追究した「海と毒薬」、禁教下の背教者の苦悩を描いた「沈黙」など。原爆を取り上げた「女の一生」を朝日新聞で連載。９５年に文化勲章を受章。元日本ペンクラブ会長。

２２歳で小説「酩酊（よいどれ）船」を発表し文壇デビューした森敦が、４０年間の沈黙を破って１９７３年に発表。翌年１月、当時最高齢の６１歳で第７０回芥川賞を受賞した。受賞後、注連寺には小説の石碑が建てられ、森を囲んで全国のファンが文学を語り合う「月山祭」も開かれた。直筆原稿は今年５月、森が生前に「はってでも行く」と語っていた注連寺がある鶴岡市に遺族から寄贈された。