国から許可と補助金を受けて、日本鯨類研究所が資源の増減傾向などを探る目的で１９８７年から実施している捕鯨。サイズや重さを測定したり、耳あかや胃の内容物などを採集して分析する。鯨肉はあくまで「調査の副産物」として販売、国内で流通する。韓国は捕鯨をしておらず、漁網にかかって混獲されたクジラが国内で流通している。ただ、密漁も横行、日本への鯨肉の密輸も過去に摘発されている。

国際捕鯨委員会（ＩＷＣ）は１９８２年、クジラの減少を受けて商業目的の捕鯨の一時禁止を決めた。日本は禁止を受け入れる一方で、８７年から南極海で、９４年から北西太平洋で、国際条約で認められている調査目的の捕鯨を始めた。調査捕鯨は、加盟国が捕獲頭数などをＩＷＣに届け出たうえで、独自に決めることができる。現在、日本では年間で南極海１０３５頭、北西太平洋３８０頭の上限を定めている。

調査捕鯨は日本鯨類研究所（鯨研）が政府の許可と補助金を受けて１９８７年から実施し、共同船舶（本社・東京）が請け負う。クジラの耳あかや胃の内容物などから生態を調べる。「副産物」として得られる年約４千トンの鯨肉は、共同船舶が国内の加工業者などに販売。高級部位のウネスは１５キロ当たり５万円以上という。販売分と別に、船員向けの「土産」という鯨肉が船員約２００人に１人約４キロ、計８００キロが無償で渡され、共同船舶が鯨研に鯨肉代を支払う。水産庁は「長く行われてきた慣例」と説明している。