第２次世界大戦末期の１９４５年７月、日本は米英中から、無条件降伏を迫るポツダム宣言を受信。原爆投下後の８月１４日に受け入れを決めた。宣言は日本の戦争行為を「世界征服の挙に出（い）つるの過誤」（６項）とし、「一切の戦争犯罪人に対しては厳重なる処罰加へらるへし」（１０項）と断じている。５２年に発効したサンフランシスコ講和条約で、連合国が日本の戦争指導者を裁いた東京裁判を受諾し、沖縄などが米施政権下に置かれた状態で主権を回復した。

第２次大戦を終結させるため、１９５１年９月８日、米国など４８カ国と日本が米サンフランシスコで署名した。冷戦を背景に共産圏の旧ソ連、旧チェコスロバキア、ポーランドは署名を拒否した。５２年４月２８日に発効し、連合国による日本占領が終わった。日本は独立を回復したが、沖縄や小笠原諸島、奄美群島は本土復帰までの間、米国の施政下に残った。

敗戦後、占領軍が当時の東京拘置所を接収、４５年１１月開所。Ａ級戦犯のほか、捕虜虐待などが問われたＢＣ級戦犯を収監。多い時で１８００人超がいた。講和条約が発効した５２年、管理が日本政府に移り、名称も「巣鴨刑務所」に変わった。５８年には収監者全員が仮出所、釈放された。跡地には７８年、サンシャインビルが開館した。