現在輸入が認められているのは、特定の除草剤（グリホサート、グルホシネートなど）に強い性質を加えた品種。国は食品や飼料としての安全を確認。在来植物との競合や交雑、有害物質の産生など生物多様性への影響について懸念する声もあるが、悪影響を及ぼさないと評価している。国内では栽培されていない。日本はナタネを年間約２００万トン輸入。大半を占めるカナダ産は約８割が遺伝子組み換えとされる。

特定の除草剤では枯れない、食べた害虫が死ぬなど特定の機能を持つ遺伝子を組み込んだ作物。世界の食糧需要をまかなう期待がある一方、長期間摂取した場合の安全性に不安の声がある。日本では、厚生労働省と内閣府の食品安全委員会がジャガイモ、大豆、テンサイ、トウモロコシ、ナタネ、ワタ、アルファルフアパパイアの８作物２８３種類について食用の安全性を確認している。

他の生物の遺伝子を組み込んで「害虫に強い」など新しい特性を持たせた作物。日本では食用の商業栽培は行われていないが、米国や南米などで広く栽培。日本には年間約１８００万トンが輸入され、輸入品の大豆、トウモロコシの約９割、ナタネの約８割を占める（２０１５年推計）。国がアレルゲンや毒素にならないかなどを調べ「安全」と評価したものが流通しているが、商業栽培開始からまだ約２０年のため「長期間食べ続けた場合の安全性は検証されていない」と懸念する声もある。